[요약]
대상판결에서는 지방자치단체가 원고에게 관광열차 전세운임 명목으로 금전을 지급한 경우에 있어, 해당 금전이 ‘용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금’으로서 부가가치세 과세표준에서 제외되는지 여부가 문제되었다.
원심판결은 원고가 지방자치단체에게 관광열차 운행대행 용역을 공급하는 대가로 전세운임을 지급받았다고 보아 해당 전세운임이 용역의 공급과 직접 관련되지 아니한 공공보조금에 해당하지 않는다고 판단하였다.
이에 대하여 대상판결은, 원고는 철도이용자에게 관광열차 운행 용역을 공급한 것이고, 위 전세운임은 원고가 지방자치단체와의 사이에서 별도로 체결한 운행협약에 따라 지급받은 것으로서 재정상의 원조를 목적으로 교부된 운영자금이라는 이유로 위 전세운임이 용역의 공급과 직접 관련되지 아니한 공공보조금에 해당한다고 판단하였다.
대상판결은 명시적으로 밝히고 있지는 아니하나, 재화 또는 용역의 공급자가 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자로부터 금전 등의 대가를 수령한 경우에 있어 해당 재화 또는 용역과 금전 사이의 대가관계 존부 판단기준에 대한 판결인 (대법원 2014두144, 2016.2.23.) 판결의 기준을 고려하고 있는 것으로 보인다.
보조금 명목으로 사업자에게 금전이 지급되는 사안에서는 통상적으로 셋의 행위주체(보조금 지급주체, 보조금 수령주체, 국민)가 등장한다는 점에서, 위와 같은 기준을 고려한 것은 타당하다고 생각된다.
다만, 대상판결이 종전 사안에서와 마찬가지로 개별 사안에 있어 해당 보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부만을 판단한 것은 다소 아쉬움이 남는다. 대법원이 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 보조금의 판단기준에 대한 명확한 일반 법리를 설시함으로써 불필요한 분쟁이 줄어들기를 기대한다.

[목차]
1. 사실관계
2. 쟁점의 정리
3. 판결의 요지
   가) 이 사건 운임 관련
   나) 이 사건 전세운임 관련
4. 평석
   가) ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’의 의미
   나) 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자에게서 금전 등을 받는 경우, 해당 재화 또는 용역과 금전 사이의 대가관계가 있는지를 판단하는 기준
   다) 재화 또는 용역과 보조금 사이의 대가관계 유무 판단기준에 대한 기존 판례의 입장
   라) 대상판결의 의의

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