[내용]
주택을 건설하여 분양하는 경우 부가가치세가 면세된다. 따라서 면세사업자로 사업자등록을 한다. 문제는 면세사업자로 등록을 했는데 나중에 과세되는 경우이다. 면세사업자로 사업자등록을 하여 부가가치세가 면세되는 주택을 건설하여 분양하여 면세수입이므로 부가가치세를 신고하지 않았으나 관할 세무서는 동 주택건설이 과세사업에 해당한다고 직권으로 과세사업자로 등록하고 부가가치세를 추징한 것이다. 이런 경우 면세사업자로 등록을 했는데 나중에 과세로 확인되는 경우 매입세액을 공제받을 수 있을 것인지가 문제된다. 또한 가산세가 부과될 것인지도 문제가 된다. 아래 판례는 면세 주택을 공급하는 사업자가 꼭 명심하여야 할 내용이다.
매입세액을 공제받으려면 일정한 기간 내에 사업자등록을 하여야 한다. 여기서 사업자등록이란 부가가가치세 과세사업자로 등록하는 것을 말한다. 따라서 면세사업자로 등록한 경우는 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없다는 점이다. 면세사업자로 사업자등록을 하였는데 나중에 과세사업으로 확인되더라도 발생한 매입세액은 사업자등록 전의 매입세액에 해당하여 과세기간 종료 후 20일 내 등록하지 아니하는 한 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(조심 2021중673, 2021.8.26., 및 대법원 2002두5146, 2004.3.12., 판결 같은 뜻임). 이것은 중요한 판례이므로 잘 기억해야 한다. 면세사업자로만 등록하지 말고 과세사업자로 등록하는 것이 좋다.

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[기타]
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